会上，就两级管理的具体运行，该校提出，要充分认识学校推进两级管理改革的必要性，学透文件、吃透精神、讲透道理，统一思想，坚决执行；要客观公正评价、准确领会，创造性地执行所出台的系列文件；各职能部门要转变观念，真正实现从管理型向服务型转变；各级干部要处理好公平与效率的关系、刚性与弹性的关系，既要坚持原则，又要实事求是、以人为本。
自2012年初起，该校就开始启动深化两级管理体制和运行机制改革。其目的在于充分调动和发挥二级院（系）的办学主动性、积极性与创造性，更好地适应学校事业发展和“骨干校”建设。学校赋予二级院（系）一定的职责，并根据职责的需要将部分人权、财权、物权下放，将原有以职能部门为主体的管理模式变为以二级院（系）为主体的管理模式，使二级院（系）在学校总体目标、原则的指导下，拥有足够的权力和责任，使其成为一个充满活力的办学实体。
顶层设计是实行两级管理的关键。该校在《两级管理实施办法》制定过程中，对学校层面和二级院（系）层面的管理权限与责任重新进行了界定，对二级院（系）的管理体制、党政联席会议、教职工代表大会、教学和学术工作委员会等制度作了明确的规定。该校制定了与《两级管理实施办法》相配套的详细的二级院（系）工作考核指标体系，主要涉及“骨干校”建设、教学、学生、科技、党建与思想政治、综合管理等五大方面的工作。对于职能部门和直属单位管理，该校还制定了详细的考核办法，以加强机关作风建设，提高其管理与服务工作效能，提升科学管理水平和执行力。
该校党委对这一改革高度重视、慎重行事，做到顾全大局、统筹协调、精心组织、周密部署，努力处理好改革、发展和稳定的关系。启动建设一年多来，该校2次组织有关人员赴相关院校考察，学习调研二级管理机制运行经验；先后召开10次约200人次的座谈会，广泛听取不同方面人士的意见、建议；根据所提意见对讨论稿进行了10轮修改；召开了５次党委会专门进行讨论才最终确定。